رفض رئيس حزب "مصر الحرية"، أستاذ العلوم السياسية في جامعة القاهرة، الدكتور عمرو حمزاوي، مشاركة الرئيس محمد مرسي في فعاليات مؤتمر حزب التنمية والعدالة التركي، قائلاً"ما كان ينبغي من الرئيس أن يحضر هذا المؤتمر"، فيما استنكر "سيطرة قيادات "الإخوان" المسلمين على الأجهزة التنفيذية والإدارية للدولة"، مطالبًا بـ"ضرورة أن تكون هذه الأجهزة مستقلة وحيادية تمامًا". قال حمزاوي، إن "التيارات الليبرالية واليسارية أخطأت خطأ فادحًا بعدم توحدها، في حين أن الأحزاب السلفية، والحرية والعدالة، الذراع السياسية لجماعة "الإخوان" المسلمين، هم من لهم الغلبة والتواجد الفعلي في الشارع"، مشيرًا إلى أن "انتشار ظاهرة التكتلات السياسية بين العديد من الأحزاب والحركات السياسية المدنية ظاهرة جيدة لإحداث التوازن السياسي في المنظومة الحزبية في مصر"، مشددًا على أن "هذه التكتلات قوى وطنية مصرية، ولا تهدف إلى مواجهة الإسلام السياسي". وأضاف حمزاوي، في حواره مع الإعلامي أسامه كمال في برنامج "نادى العاصمة" على "الفضائية المصرية"، أنه "من حق الرئيس محمد مرسي أن يختار الفريق المعاون والاستشاري له من أي تيار يراه، فذلك حق أصيل له"، لافتًا إلى أن حمل قيادات من حزب "الحرية والعدالة" حقائب وزارية أو تعيينهم في مناصب المحافظين أمر لا يعنيه. ورفض حمزاوي "سيطرة قيادات الإخوان على الأجهزة التنفيذية والإدارية للدولة"، مطالبًا بـ"ضرورة أن تكون هذه الأجهزة مستقلة وحيادية تمامًا"، معلنًا رفضه أن يكون هناك وزير للإعلام بعد الثورة، مستنكرًا ما وصفه بـ" الهجوم الشديد" الذي يمارس عليه من قبل بعض تيارات الإسلام السياسي، خاصة ما عرف بـ"تدويل الدستور"، قائلاً، إنه لم يطلب قط بـ"تدويل القضية"، وأنه "لا يستبدل الخارج بالداخل". وأوضح حمزاوي، أن مقاله الذي أثار الأزمة، كان يشير إلى "ضرورة الالتفات والاعتراف بالمواثيق والمعاهدات الدولية، التي وقعت عليها مصر عند كتابة الدستور، كما تطرق المقال إلى الحديث عن الحوار حول البرلمانات الدولية"، قائلاً:" إن هذه قضية تواصل عادية في عالم أصبح منفتحًا على بعضه". وأضاف:" إن مصر بها من يحكم الآن ويذهب إلى حضور مؤتمر حزبي في دولة أخرى، وما كان ينبغي من الرئيس أن يحضر هذا المؤتمر"، في إشارة إلى زيارته تركيا وحضوره مؤتمر حزب التنمية والعدالة هناك، مشيرًا إلى أن "هناك ممارسات نفعية تستخدم في تفسير المواقف، فبدلا من مواجهة تيارات من الإسلام السياسي لما يحدث بداخلها تتجه للأسف إلى تصدير المشاكل للآخرين". وشدد حمزاوي، على أن "المجتمع المصري متصالح مع الدين، غير أن المشكلة تبدأ عندما يتم خلط الدين بالسياسية، ويتم الخلط بين الدعوي والحزبي، فهناك خلط بين جماعة الإخوان المسلمين، وحزب الحرية والعدالة، وأيضا خلط بين حزب النور والدعوة السلفية، وكذلك حزب البناء والتنمية والجماعة الإسلامية"، قائلاً:" رغم كل ذلك نتفق جميعًا على أن هناك توافق وطني على أن الشريعة الإسلامية المصدر الأساسي للتشريع". وأكد حمزاوي، أن "تمسُك البعض بأن يكون الأزهر الشريف هو المرجعية الأخيرة يؤكد أننا نسير في اتجاه الدولة الدينية، وذلك رغم أن هذه المؤسسة نفسها رفضت ذلك"، لافتًا إلى أن "هناك محاولات مستميتة للإيهام بأن المعارضين لهذه الممارسات والأفكار الغريبة التي تطرح داخل الجمعية التأسيسية للدستور يعترضون لمجرد الاعتراض". واستطرد حمزاوي:" لابد أن نحسم أمرنا ونختار ما بين رؤيتين للمجتمع: هل نريد دولة ديمقراطية مدنية أم دولة دينية"، لافتًا إلى أن "هناك فوضى في الفتاوى على القنوات الدينية الفضائية"، مشيرًا إلى أن "هذه القنوات تشن هجومًا شرسًا وعنيفًا على التيارات السياسية المدنية"، مشككًا في كونهم "يعرفون المعاني الحقيقية لكلمات مثل الليبرالية أو العلمانية"، مطالبًا القوى السياسية أن "تبتعد عن مبدأ النفعية والتشكيك في الأخر المختلِف معها".