نفي المتحدِّث الرَّسمي باسم القوَّات المسلحة السودانيَّة العقيد الصوارمي خالد سعد أن "تكون السَّفينة التي زعمت تل أبيب أنها محمَّلة بشحنة أسلحة إيرانيَّة، وتم اعتراضها بواسطة سلاح البحريَّة الإسرائيليَّة، نفى أنها داخل المياه الإقليميَّة لبلاده".وشدَّد سعد، بحسب صحيفة "السوداني"، الصادرة الأربعاء، على أنه "لا توجد أية سفن حربية لإيران أو سورية وصلت المياه الإقليمية للسودان، والتي تصل إلى قرابة 20 ميلا"، موضحا أن "السفينة التي اعترضها  الإسرائيليون كانت قبالة المياه الإقليمية فقط وليس داخلها"، مشيرا إلى أن "العملية كلها أمر يخص إسرائيل وإيران، وأن السودان ليس طرفا فيه بأية  صورة". وقال الصوارمي: إنه أجرى اتصالا مع وزير الدفاع الموجود في ولاية البحر الأحمر شرق السودان. وأكد أنه "لم يرصد أية سفن حربية في المياه الإقليمية السودانية".وبحسب موقع "سودان تريبيون"، "وضعت إسرائيل الخرطوم مجددا في فوهة الاتهام بمساعدة إيران في تسليح حركة المقاومة الإسلامية حماس،  الا أن مسئول في وزارة الخارجية السودانية نفى هو الآخر علاقة بلاده بشحنة الأسلحة التي قالت إسرائيل إنها اعترضتها في المياه الدولية، قبالة السواحل السودانية في طريقها إلى غزة".واتهم المسئول إسرائيل بـ "التدبير لأمر ما استبقته بإطلاق هذه الأكاذيب". وكان المتحدث العسكري الإسرائيلي بيتر ليرنر قال للصحافيين: إن القوات الإسرائيلية صعدت إلى سفينة الشحن (كلوس - سي)، التي ترفع علم بنما أثناء إبحارها في المياه الدولية دون مقاومة من الطاقم المؤلف من 17 فردا في عملية معقدة وسرية. وقال ليرنر: إن القوات عثرت في السفينة على عشرات الصواريخ طراز إم 302، التي يمكنها أن تصل إلى عمق إسرائيل إذا أطلقت من غزة، مما يزيد من قوة النيران لحركة حماس التي تدير قطاع غزة وفصائل مسلحة أخرى، وأضاف "الصاروخ إم302 في أكثر صوره تطورا يمكنه إصابة أهداف على بعد أكثر من مئة ميل وإذا كانت هذه الصواريخ قد وصلت غزة لكان ذلك يعني في نهاية المطاف وضع ملايين الإسرائيليين تحت التهديد". ونفت حركة المقاومة الإسلامية (حماس) "صحة البيان الإسرائيلي" ووصفته بأنه "مزحة سخيفة". وقال مستشار رئيس وزراء حكومة حماس إسماعيل هنية طاهر النونو: إن هذه كذبة إسرائيلية جديدة، تهدف إلى تبرير حصار غزة وإطالة أمده.وقالت المتحدثة باسم وزارة الخارجية الأمريكية جين ساكي: إن الولايات المتحدة ساعدت إسرائيل بتزويدها بالمعلومات عن السفينة، وأضافت "فور علم البيت الأبيض بالتحرك الوشيك للسفينة المشتبه بها، أصدر توجيهات لوزارة الدفاع بمراقبتها"، وأشارت ساكي إلى أن "خيارات الولايات المتحدة للتعامل مع السفينة كانت تتضمن التحرك من جانب واحد عند الضرورة، لكن بعد تبادل معلومات المخابرات اختارت إسرائيل أن تقود العملية".